Влада Републике Србије није дала сагласност, нити је уопште разматрала споразум са НАТО, пошто је о споразуму упозната тек пошто је потписан. Радна група у којој су били именовани представници Владе Србије никада се није састала, па самим тим није ни могла да усагласи споразум.
Влада Србије је поводом саопштења Министарства иностраних послова СЦГ навела да је нетачан навод да споразум предвиђа да ће конкретни аранжмани везани за транзит трупа НАТО бити договорени у директним преговорима са Владом Србије и Владом Црне Горе. Нетачан је и навод да је председник Владе Србије пре потписивања био упознат са споразумом. Такође, нетачан је навод да је дан после потписивања председник Владе Србије дао сагласност на споразум.
Поред тога, погрешно је наведено и да Влада Србије према члану 19. може да суспендује важење споразума, јер се у том члану и уопште у целом споразуму Влада Србије и не помиње.